扣除三险一金后，如果当月工资收入不足3500元，则先从年终奖中拿出一部分钱，将当月工资补足3500元后，然后将剩余的年终奖金额套入计算公式，得出应缴税额。如果发放年终奖的当月工资为4000元，发放年终奖为4500元，那么先将4500元除以12得出375元，适用税率为3%，那么年终奖扣税额为4500×3%-0=135元。
年终奖个人所得税计算方法
根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）规定，“一、关于全年一次性奖金、中央企业负责人年度绩效薪金延期兑现收入和任期奖励的政策（一）居民个人取得全年一次性奖金，符合《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号）规定的，在2021年12月31日前，不并入当年综合所得，以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照本通知所附按月换算后的综合所得税率表（以下简称月度税率表），确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。计算公式为：
应纳税额＝全年一次性奖金收入×适用税率－速算扣除数
居民个人取得全年一次性奖金，也可以选择并入当年综合所得计算纳税。
自2022年1月1日起，居民个人取得全年一次性奖金，应并入当年综合所得计算缴纳个人所得税。”