如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
个人所得税申报年薪纳税
《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）规定如下：一、全年一次性奖金是指行政机关、企事业单位等扣缴义务人根据其全年经济效益和对雇员全年工作业绩的综合考核情况，向雇员发放的一次性奖金。?
上述一次性奖金也包括年终加薪、实行年薪制和绩效工资办法的单位根据考核情况兑现的年薪和绩效工资。
二、纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法,由扣缴义务人发放时代扣代缴：
（一）先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。
如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
（二）将雇员个人当月内取得的全年一次性奖金，按本条第（一）项确定的适用税率和速算扣除数计算征税，计算公式如下：
1.如果雇员当月工资薪金所得高于（或等于）税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数
2.如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额=(雇员当月取得全年一次性奖金—雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率—速算扣除数?
三、在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。
四、实行年薪制和绩效工资的单位，个人取得年终兑现的年薪和绩效工资按本通知第二条、第三条执行。
从上面文件第一条可以看出，年薪制现在税法上已经不再认同，年终发放余额时统一作为一次性奖金，并按第二、第三条实行。
该公司总经理年终发放的60000元应按年终一次性奖金处理，按第二条的公式计算个人所得税。计算过程如下：
第一步：先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。
122412/12＝10201元，适用税率20%，速算扣除数375元。
第二步：计算个人所得税如下：
122412*0.20-375＝24107.4元
需要注意的是：本文件最后一条废止了年薪制如何计征个人所得税的规定。
七、本通知自2005年1月1日起实施，以前规定与本通知不一致的，按本通知规定执行。《国家税务总局关于在中国境内有住所的个人取得奖金征税问题的通知》（国税发〔1996〕206号）和《国家税务总局关于企业经营者试行年薪制后如何计征个人所得税的通知》（国税发〔1996〕107号）同时废止。
关于个税扣除项
1. 纳税人本人或配偶发生的首套住房贷款利息支出，可按每月1000元标准定额扣除；2. 住房租金根据纳税人承租住房所在城市的不同，按每月800元到1200元定额扣除；
3. 纳税人赡养60岁(含)以上父母的，按照每月2000元标准定额扣除；
4. 纳税人的子女接受学前教育和学历教育的相关支出，按每个子女每年1.2万元(每月1000元)的标准定额扣除；纳税人接受学历或非学历继续教育支出的，在规定期间可按每年3600元或4800元定额扣除；
5. 大病医疗方面，纳税人在一个纳税年度内发生的自负医药费用超过1.5万元部分，可在每年6万元限额内据实扣除。