法院将根据事实、证据以及相关法律进行判决。上级法院将重新审理案件，并依法做出最终判决。
工程重大安全事故犯罪的司法判定主要通过以下程序进行：
1. 接警并立案：一旦发生工程重大安全事故，相关部门（如公安机关、安监部门等）会接到报警并立案调查。
2. 事故调查：执法部门将会组织人员展开事故调查，收集证据、勘察现场、调查相关人员等，以确定事故的原因和责任。
3. 起诉：根据调查结果，执法部门会对认定犯罪的相关责任人提起公诉，将案件移交给检察机关。
4. 案件审理：检察机关将会对起诉的案件进行审查，确认指控的合理性，然后将其提交给法院审理。
5. 法院审理：在法庭上，受害方、被告人及其辩护律师、检察官等会出庭进行辩论和辩护。法院将根据事实、证据以及相关法律进行判决。
6. 判决结果：法院根据相关法律规定，结合案件的事实证据和犯罪行为的性质、情节等，进行裁决，并对被告人做出相应的刑罚决定。
7. 可上诉：如果对判决结果有异议，被告人或检察机关都有权利提起上诉。上级法院将重新审理案件，并依法做出最终判决。
总体来说，工程重大安全事故犯罪的司法判定需要经历立案、调查、起诉、审理、判决等一系列的程序，以确保相关责任人能够得到公正的法律判决。