审核通过后，税务机关会对申请的发票进行作废处理，将发票标记为作废状态，并在系统中记录相关信息。纳税人收到作废凭证后，需及时更新税控系统中的发票信息，确保作废发票不再被使用。值得注意的是，发票作废申请的流程可能会根据不同地区和税务机关的要求略有差异，具体申请流程还需参考当地的相关规定和要求。
发票作废申请流程如下：
1. 普通纳税人提交作废发票申请。纳税人使用税控系统申请作废发票，包括发票代码、发票号码、作废原因等必填信息，并在系统中提交申请。
2. 税务机关审核发票作废申请。税务机关根据纳税人的申请信息进行审核，核实申请的发票是否存在，是否符合作废的条件和要求。
3. 税务机关作废发票。审核通过后，税务机关会对申请的发票进行作废处理，将发票标记为作废状态，并在系统中记录相关信息。
4. 纳税人领取作废凭证。税务机关会给纳税人开具作废凭证，纳税人需持此凭证到税务机关领取，并保留好作废凭证备查。
5. 纳税人更新发票信息。纳税人收到作废凭证后，需及时更新税控系统中的发票信息，确保作废发票不再被使用。
值得注意的是，发票作废申请的流程可能会根据不同地区和税务机关的要求略有差异，具体申请流程还需参考当地的相关规定和要求。