如企业发现自身存在违规行为，应及时纠正，并主动与税务机关沟通，依法处理。需要注意的是，发票抵扣是一项法定的税务优惠政策，企业应遵循税法规定的条件和程序进行操作，不得滥用发票抵扣，以免触犯法律或被税务机关处罚。此外，建议企业咨询专业会计师或税务机构，以确保相关操作的合法性和准确性。
发票抵扣是企业按照税法规定，在购买商品或接受服务后，可以从应纳税额中扣除的一种税收优惠政策，合法的发票抵扣可以有效减少企业税负。以下是一些建议：
1. 确保发票真实有效：企业应确保所有发票均为真实的交易，并符合税法规定的发票开具要求，例如发票必须含有纳税人的税务登记号码、发票代码、发票号码、商品或服务的名称、金额等。
2. 符合抵扣条件：企业在抵扣发票时，需满足一定的条件，例如发票必须与企业的经营活动相关，且发票上的销售方必须是具备正常纳税资格的企事业单位或个体工商户。
3. 确保支出合规：企业在购买商品或接受服务时，应确保支出具有合规性，不能为了享受发票抵扣而进行虚假交易或违反法律规定。
4. 妥善保存发票：企业应妥善保存相关的发票和购销合同等交易凭证，以备税务机关核查。
5. 定期进行发票核对：企业应定期对发票进行核对，确保发票与企业实际交易相符，并及时处理发票中出现的问题。
6. 遵守税法规定：企业应严格遵守税法规定，不得违反税法规定的行为。如企业发现自身存在违规行为，应及时纠正，并主动与税务机关沟通，依法处理。
需要注意的是，发票抵扣是一项法定的税务优惠政策，企业应遵循税法规定的条件和程序进行操作，不得滥用发票抵扣，以免触犯法律或被税务机关处罚。此外，建议企业咨询专业会计师或税务机构，以确保相关操作的合法性和准确性。