以上处理方式的选择应视企业规模、员工数量和公司制度等因素来确定。为了避免不必要的纠纷和税务风险，企业应与员工明确约定报销政策，并与税务部门合作，确保依法缴纳个人所得税。
发票报销企业员工个人所得税的处理方式主要有以下几种：
1. 公司代扣代缴：企业可以选择代扣代缴员工个人所得税。在发放工资时，将所得税直接从员工工资中扣除，并由企业代为缴纳给税务部门。
2. 公司报销后员工自行缴纳：员工在报销过程中，企业先按照实际报销金额支付给员工，但不包括个人所得税部分。员工在收到报销款后，需要自行计算并缴纳个人所得税给税务部门。
3. 公司报销后企业替员工缴纳个人所得税：企业在报销员工费用后，还可以选择替员工缴纳个人所得税。企业将报销款项中的个人所得税部分扣除，并由企业代为缴纳给税务部门。
以上处理方式的选择应视企业规模、员工数量和公司制度等因素来确定。为了避免不必要的纠纷和税务风险，企业应与员工明确约定报销政策，并与税务部门合作，确保依法缴纳个人所得税。