根据中国公安部门的相关规定，如果在刑事侦查过程中扣押了车辆，待案件侦查终结后，如果没有查明涉案车辆与犯罪事实之间的直接关系，公安部门会退还被扣车辆给车主。但需要注意的是，如果涉案车辆与犯罪事实存在直接关系，比如作为作案工具或者涉嫌非法所得，公安部门可能有权决定继续扣押车辆以保全证据或根据法律有关规定。此外，被扣押车辆的退还也需要车主履行相关手续和缴纳相关费用，如办理解除扣押手续、支付相关罚款等。
根据中国公安部门的相关规定，如果在刑事侦查过程中扣押了车辆，待案件侦查终结后，如果没有查明涉案车辆与犯罪事实之间的直接关系，公安部门会退还被扣车辆给车主。
但需要注意的是，如果涉案车辆与犯罪事实存在直接关系，比如作为作案工具或者涉嫌非法所得，公安部门可能有权决定继续扣押车辆以保全证据或根据法律有关规定。
此外，被扣押车辆的退还也需要车主履行相关手续和缴纳相关费用，如办理解除扣押手续、支付相关罚款等。具体操作流程可能因地区和案件性质而有所差异，建议您咨询相关公安部门或法律专业人士了解具体情况。