在协议中明确双方同意终止劳动合同，并注明丢失劳动合同的情况。公司需要准备其他劳动关系证据，并与劳动者参加相关仲裁或诉讼程序。需要注意的是，根据国家相关法律法规的规定，公司解雇员工需要符合一定的条件和程序，不得违反法律规定。建议在解雇员工时咨询专业的劳动法律顾问以确保合法合规。
公司要辞退员工时，劳动合同丢失的情况下，可以采取以下步骤：
1.首先，确保与员工之间存在劳动关系的证据。可以收集任职文件、工资记录、社保缴纳记录、银行工资转账记录等与劳动关系相关的文件作为证据。
2.与员工进行沟通，并拟定一份终止劳动合同的书面协议。在协议中明确双方同意终止劳动合同，并注明丢失劳动合同的情况。
3.将协议发送给员工，要求其签字确认。可以采取邮寄、电子邮件等方式发送。
4.如果员工不同意签署协议，可以通过劳动仲裁或法院诉讼的方式解决劳动纠纷。公司需要准备其他劳动关系证据，并与劳动者参加相关仲裁或诉讼程序。
需要注意的是，根据国家相关法律法规的规定，公司解雇员工需要符合一定的条件和程序，不得违反法律规定。建议在解雇员工时咨询专业的劳动法律顾问以确保合法合规。