当事人可以根据法院的判决决定支付方式。这可能需要通过律师或调解机构进行协助。比较常见的方式是将拆迁款委托给第三方托管或冻结在指定的账户中，等待纠纷解决后再进行划拨。无论采取哪种方式，建议当事人尽早咨询专业律师或相关机构，获取具体建议，遵循法律程序并保留相关证据，以确保拆迁款的支付符合法律要求并保护自身权益。
如果房屋存在纠纷导致拆迁款的支付变得复杂，以下是一些可能的选择和建议：
1. 司法裁决：如果纠纷已经进入司法程序，法院可能会做出决定，确定拆迁款的支付方式和金额。当事人可以根据法院的判决决定支付方式。
2. 协商解决：当事人可以选择通过协商解决纠纷，达成一致后再进行拆迁款的支付。这可能需要通过律师或调解机构进行协助。
3. 担保付款：如果纠纷尚未解决，但双方同意支付拆迁款，可以选择采取担保方式支付。比较常见的方式是将拆迁款委托给第三方托管或冻结在指定的账户中，等待纠纷解决后再进行划拨。
4. 部分支付：如果存在争议的部分较小，可以选择先支付争议之外的部分拆迁款，将争议款项先留存，等待纠纷解决后再进行支付。
无论采取哪种方式，建议当事人尽早咨询专业律师或相关机构，获取具体建议，遵循法律程序并保留相关证据，以确保拆迁款的支付符合法律要求并保护自身权益。