公安机关将根据收集到的证据和调查情况决定是否立案侦查。如果决定起诉，将会将案件移交给法院审理。法院将根据法律规定进行审判，并判断被告人是否有罪。被告人如果不服判决可以提起上诉，最终由上级法院终审。
要追究证明文件重大失实行为的责任，需要以下步骤：
1.收集证据：收集有关证明文件的重大失实行为的证据，包括文件副本、相关文件、相关人员的证言等。
2.报案：将收集的证据提交给当地公安机关，并向其报案。公安机关将根据收集到的证据和调查情况决定是否立案侦查。
3.侦查：公安机关将开展侦查工作，调查与证明文件失实行为相关的人员、机构和事实。他们可能会对相关人员进行讯问、搜查相关场所或设备，并收集其他相关证据。
4.起诉：如果侦查结果显示存在证明文件重大失实行为的犯罪事实，公安机关将向检察机关提起公诉，提交相关证据和案件材料，并提出对犯罪嫌疑人的指控。
5.审判：检察机关会审核公安机关提供的案件材料和证据，并根据情况决定是否起诉。如果决定起诉，将会将案件移交给法院审理。法院将根据法律规定进行审判，并判断被告人是否有罪。
6.判决：如果被告人被判定有罪，法院将根据法律规定进行量刑，并宣布判决结果。被告人如果不服判决可以提起上诉，最终由上级法院终审。
请注意，以上是针对中国的法律程序进行的描述，具体流程可能因地区、法律体系和案件性质的不同而有所差异。因此，在实际操作中，应当具体参考当地的法律法规并征询合适的法律专业人士的意见。