如果被告人的行为实际上导致了飞行安全的危险或者引发了紧急情况，应当按照此罪立案追诉。公安机关或者检察机关应当根据具体情况进行综合判断，包括被告人的行为的危险性、潜在危害的后果等因素。需要注意的是，立案追诉的标准并非固定不变的，具体的判断由执法机关根据案件的具体情况进行综合评估。
根据《中华人民共和国刑法》第263条规定，对于危及飞行安全的暴力行为，具体的立案追诉标准如下：
1. 行为要素：被告人的行为必须是以暴力、威胁手段危害民用航空器的安全，包括但不限于持械闯入机舱、威胁飞机上的乘客和机组人员、携带危险物品等。
2. 结果要素：被告人的行为必须已经或者有可能对飞行安全造成实际危害。如果被告人的行为实际上导致了飞行安全的危险或者引发了紧急情况，应当按照此罪立案追诉。
3. 违法情形：被告人的行为违反了国家的法律、法规或者航空器的相关规定，已经给飞行安全造成危害。
4. 追诉标准：对于发生在民用航空器上的危及飞行安全罪，只要公安机关或者检察机关认为有立案必要，可以依法立案追诉。公安机关或者检察机关应当根据具体情况进行综合判断，包括被告人的行为的危险性、潜在危害的后果等因素。
需要注意的是，立案追诉的标准并非固定不变的，具体的判断由执法机关根据案件的具体情况进行综合评估。