双方可以通过面谈、电话、书面函件等方式进行沟通，找到解决方案，达成一致意见。调解可以由第三方机构或专业调解员进行，调解的目的是促使双方达成和解协议。调解一般是非强制性的，双方可自愿选择是否参与。仲裁是通过双方选择的仲裁机构或仲裁员进行公正、独立的裁决。诉讼是向法院提起诉讼，双方通过法院审判获取合法裁决。诉讼一般是时间和金钱成本较高的方式，双方需委托律师进行法律代理。
协议合同纠纷处理流程通常包括以下步骤：
1.协商解决：当出现合同纠纷时，首先应双方协商解决。双方可以通过面谈、电话、书面函件等方式进行沟通，找到解决方案，达成一致意见。
2.调解：如果协商无法解决纠纷，双方可以选择进行调解。调解可以由第三方机构或专业调解员进行，调解的目的是促使双方达成和解协议。调解一般是非强制性的，双方可自愿选择是否参与。
3.仲裁：如果调解无法达成一致意见，双方可以选择仲裁。仲裁是通过双方选择的仲裁机构或仲裁员进行公正、独立的裁决。仲裁裁决具有强制执行力，对双方都具有法律效力。
4.诉讼：如果仲裁无法解决纠纷，双方可以选择诉讼。诉讼是向法院提起诉讼，双方通过法院审判获取合法裁决。诉讼一般是时间和金钱成本较高的方式，双方需委托律师进行法律代理。
需要注意的是，不同国家和地区的法律制度、程序及相关的协议合同约定可能有所不同。因此，在面对纠纷时，建议双方首先参考相关合同约定，并咨询专业法律意见。